Theo quy trình ở đa số quốc gia cho phép phẫu thuật chuyển đổi giới tính, một người trước khi chuyển giới phải trải qua giai đoạn kiểm tra cuộc sống thực (Real Life Test) để xem có thực sự phù hợp để tiến hành phẫu thuật chuyển đổi giới tính hay không.[16].

Quy trình phẫu thuật chuyển đổi giới tính thực chất là một chuỗi điều trị tâm lý - nội tiết – phẫu thuật. Mắt xích quan trọng nhất là "nội tiết trị liệu" vì nội tiết tố giúp người chuyển giới thay đổi thuận lợi về tâm lý và cơ thể trước khi phẫu thuật. Nội tiết tố cần được duy trì cả đời, trước và sau khi phẫu thuật.

Quy trình phẫu thuật chuyển đổi giới tính ở Hà Lan: Người chuyển giới trải qua các giai đoạn sau[16]:

• Giai đoạn 1 (trải nghiệm, tư vấn tâm lý): Người chuyển giới sẽ phải trải qua ít nhất sáu tháng để được tư vấn, kiểm tra và trải nghiệm tâm lý, họ phải ăn mặc như nữ (nếu là người chuyển giới từ nam sang nữ) và như nam (nếu là người chuyển giới từ nữ sang nam). Sau khi nghe bác sĩ tâm lý giảng giải về mọi khó khăn có thể sẽ gặp phải (gia đình từ bỏ, mất bạn, mất việc, suy giảm sức khỏe và bị các tác dụng phụ của nội tiết tố giới tính) thì có khoảng 40% bệnh nhân bỏ cuộc.
• Giai đoạn 2 (điều trị bằng nội tiết tố): Người chuyển giới được điều trị bằng nội tiết tố trong vòng khoảng 2 năm. Nội tiết tố giúp cơ thể họ thay đổi. Testosterone (nội tiết tố nam) giúp cơ thể người nữ chuyển biến các dấu hiệu của giới tính nam như: lông và râu phát triển, ngực thu nhỏ, giọng nói trầm hơn... Nội tiết tố nữ giúp cơ thể người nam chuyển biến các dấu hiệu của giới tính nữ như: lông râu và cơ bắp giảm, ngực phát triển, kích thước tinh hoàn giảm... Trong giai đoạn này, nếu người đó cảm thấy hối hận hoặc thất vọng, không muốn chuyển giới nữa thì vẫn kịp để thay đổi ý định. Họ chỉ cần ngừng sử dụng hormone giới tính nhân tạo thì sau mấy tháng, các hormone giới tính nhân tạo sẽ bị cơ thể đào thải hết, các đặc điểm giới tính của họ sẽ trở về như ban đầu, giống như chưa có gì xảy ra.
• Giai đoạn 3 (phẫu thuật tạo hình chuyển giới): sau hai năm điều trị bằng nội tiết tố, khi các thay đổi về tâm sinh lý của người chuyển giới đã tới giới hạn thuận lợi cho việc phẫu thuật, một Hội đồng y khoa với các chuyên viên nội tiết, tâm lý, phẫu thuật sẽ nghiên cứu kỹ lưỡng từng hồ sơ một. Bệnh nhân nào đủ điều kiện sẽ được chuyển qua giai đoạn 3: phẫu thuật cắt bỏ bộ sinh dục cũ và tạo bộ sinh dục mới.

Sau khi phẫu thuật cắt bỏ bộ sinh dục cũ và tạo bộ sinh dục mới, người chuyển giới vẫn sẽ phải duy trì sử dụng Hormone nhân tạo cả đời, bởi các bộ phận sinh dục mới thực chất chỉ là các thiết bị mô phỏng hình dáng, chứ không có chức năng sinh dục như bộ phận của người bình thường. Ngoài ra, những người đã chuyển giới phải thường xuyên được điều trị tâm lý do họ thường thất vọng với cơ thể mới (do chỉ có hình dáng mà không có chức năng giới tính), nên có tỷ lệ trầm cảm, tự sát rất cao.

Những rủi ro liên quan với việc tiêm hormone, cắt sửa bộ phận sinh dục và các phẫu thuật khác như bệnh ung thư (vú và tuyến tiền liệt), bệnh tim (đột quỵ, bệnh tim mạch), và tắc mạch máu não trong những người chuyển giới cũng là một vấn đề lớn và đang tiếp tục được nghiên cứu[17].

Người chuyển giới trước khi can thiệp phẫu thuật phải sử dụng hormone trong một thời gian khá dài, khiến tâm lý bị đảo lộn, cơ thể của họ bị yếu đi trông thấy, dễ nhiễm bệnh. Tiêm không đúng cách và liều lượng có thể nguy hiểm tính mạng. Sau đó họ sẽ phải trải qua vài chục cuộc tiểu phẫu với những đau đớn và nguy cơ tai biến cả về thể chất lẫn tâm lý. Sau vài năm, họ sẽ già đi nhanh chóng, sức khỏe của họ trở nên tồi tệ do những biến chứng từ phẫu thuật và tiêm hoóc-môn, những cơn đau thể xác giày vò cả ngày lẫn đêm. Đối với nam chuyển sang nữ, những lớp mỡ sẽ biến mất, vú teo lại mà trơ ra là khung xương thô kệch của đàn ông. Đối với nữ chuyển sang nam, râu tóc của họ sẽ rụng, dương vật giả sẽ teo đi (thậm chí bị hoại tử), khung xương chậu bị tổn thương khiến đi lại khó khăn. Những người không có đủ tiền để uống/tiêm kích thích tố đều đặn thì những hậu quả này thậm chí sẽ xuất hiện nhanh hơn[18]. Ca sĩ chuyển giới Nong Poy (Thái Lan) chia sẻ: khi chuyển giới tức là chấp nhận rút ngắn tuổi thọ xuống khoảng 20 năm, người chuyển giới khó có thể sống ngoài 40 tuổi[19]

Tại Thái Lan (một "thiên đường" của việc chuyển đổi giới tính), nhà hoạt động Nathee Teerarojanapong nói về kết quả không mong đợi từ việc chuyển đổi giới tính: "Tôi nhận được nhiều cuộc gọi từ những người nói họ cảm thấy tiếc vì đã chuyển giới. Họ đã phạm một sai lầm lớn và muốn trở lại như cũ nhưng không thể".

Những người chuyển giới đều chung số phận: Vĩnh viễn không thể có con, phải uống/tiêm hormone nhân tạo trong suốt cuộc đời còn lại. Vẻ "mỹ miều" bên ngoài của họ chỉ là do phẫu thuật thẩm mỹ và ngoại hình đó cũng chỉ duy trì được 5-10 năm, sau đó thân hình, da dẻ mau chóng già nua nhanh hơn nhiều so với người bình thường do những tác dụng phụ của hormone nhân tạo. Về đời sống tình dục cũng rất bất ổn do các bộ phận sinh dục nhân tạo của họ không thể có chức năng như bộ phận của người thường. Về mặt hôn nhân thì cũng rất hiếm người chịu kết hôn với một người chuyển giới, nên hiếm hoi lắm mới có một người chuyển giới tìm được hạnh phúc gia đình thực sự[20].

Do những hậu quả xấu về lâu dài, các bác sĩ khuyên rằng: dù mang tâm lý không chấp nhận giới tính bẩm sinh của mình thì con người cũng không nên can thiệp dao kéo vào giới tính của cơ thể, vì phẫu thuật chuyển giới để lại hệ lụy rất khó kiểm soát về sau, nhất là vấn đề tâm lý[20].